В 1998 году Ф.Г. Хисамитдинова возвращается в Институт истории, языка и литературы УНЦ РАН, работает заместителем, а с 2005 года – директором Института. На своих постах она активна как в управленческой, так и в научно-педагогической деятельности. Является автором около 200 научных и научно-методических работ, изданных не только в России, но и за рубежом. Например, книга «Говорю огню», изданная в Будапеште на венгерском языке, выполненная совместно с венгерским ученым Й. Тормой, или перевод «Евангелия от Луки» на башкирский язык, изданный в Стокгольме. Профессор Ф.Г. Хисамитдинова является руководителем и исполнителем ряда международных научных проектов. Среди них: ИНТАС (Бельгия), по разработке учебника башкирского языка для иностранцев и изучению ислама в России, а также проекта Международного института по переводу Библии (Стокгольм). Ее научные контакты не ограничиваются публикацией работ, участием в грантовых проектах, она является участницей более 30 международных форумов. В частности, она постоянный участник конференций ПИАК, Международного конгресса тюркологов.
В 1994-1999-х Ф.Г. Хисамитдинова являлась депутатом первого созыва Государственного Собрания - Курултая Республики Башкортостан, принимала участие в разработке и принятии законов РБ об образовании, культуре, средствах массовой информации, молодежной и семейной политике.
В общественной деятельности необходимо отметить ее работу на посту председателей Союза женщин Республики Башкортостан (1996-1998), Общества башкирских женщин Республики Башкортостан (2000-2003), женской комиссии Исполкома Всемирного курултая башкир (с 2000 года). Именно в эти годы были заложены основы семейной политики республики. Проводимые во второй половине 90-х годов XX в. совместно с Министерством народного образования РБ научно-практические конференции обратили внимание общественности, руководства республики, районов и городов к проблемам семьи, детства, материнства и отцовства.Как активная участница женского движения России профессор Ф.Г. Хисамитдинова в составе делегаций российских женщин принимает участие в работе Международного форума женщин мира (Куба, Гавана. 1998), I и II Курултая женщин Тюркского мира (Турция, Анкара, 2001, 2003), Международной конференции женщин Азербайджана (Азербайджан, Бакы, 2002).
Имеет звания «Заслуженный деятель науки Республики Башкортостан» (2003) и «Заслуженный деятель науки Российской Федерации» (2008), награждена Орденом Дружбы народов (2014), Почетной грамотой округа г. Уфа и нагрудным знаком «За заслуги перед городом» (2015). В настоящее время является научным руководителем ИИЯЛ УНЦ РАН, заведует отделом языкознания.