Все эти обстоятельства определили его назначение ректором вновь образованного в январе 1967 г. Башкирского государственного педагогического института, призванного радикально решить проблему острой недостаточности в школах республики учителей с высшим образованием.
Первому ректору предстояло решить сложные задачи по организации структур, учебного процесса, минимальной материально-технической и учебно-методической базы. Был осуществлён капитальный ремонт старого здания института им. Мечникова, подготовлен и утверждён проект нового учебного корпуса, начато его строительство. Хотя контрольные цифры первого приёма составляли 280 человек, но контингент быстро вырос до 1797 студентов, а заочников – до 936. Было введено в эксплуатацию общежитие №1, рассчитанное на 515 студентов, в котором пришлось вынужденно размещать 900 человек. Занятия проходили в две смены, приходилось арендовать помещения в школах, постоянно перемещать оборудование.
В напряжённый организационный период позитивную роль сыграло очень хорошее знание Марваном Янгировичем педагогических кадров Башкирии, его стратегическое видение и планомерное руководство учебно-воспитательным процессом. К завершению его ректорства в институте работали уже 159 педагогов, в том числе, 32 доцента, 62 старших преподавателя, 65 ассистентов.
Ядром педколлектива стали деканы факультетов, заведующие кафедрами, а также педагоги, заложившие основы будущего флагмана педагогического образования. Среди них можно назвать таких, как А.Х. Хайбрахманов, А.И. Грекова, Э.Ш. Хамитов, В.Ф. Сафин, М.Н. Гайнуллин, Г.М. Асфандиярова, Э.Т. Изергин, Г.Ш. Илишев, Р.С. Байбулатов, Г.Н. Классен, Р.Н. Латыпова, Х.Х. Насибуллов, Р.С. Сингатуллин, Н.А. Лексина, С.М. Любовцева и др. Они запомнили первого ректора как умелого профессионала, внимательного к людям, требовательного и пунктуального, сочетающего человечность, соблюдение традиций и неукоснительное следование протокольным нормам.