Одним из главных событий после возвращения стала учёба на историческом факультете Уфимского педагогического института им. К.А. Тимирязева, где студенты в военных шинелях с боевыми наградами задавали тон и были образцовым примером во всех студенческих инициативах и делах. Р.Г. Кузеев был сталинским стипендиатом, избирался парторгом. Бесстрашный воин-танкист, любознательный и целеустремлённый студент проявил и яркие журналистские способности. С 1949 г., после досрочного завершения учёбы, работал в газете «Кызыл тан». Разносторонне одарённого и уже прошедшего через огонь и воду молодого человека всё больше стала привлекать учебно-научная деятельность. В 1951 г. были замечены его научные способности, и он был приглашён в Институт истории, языка и литературы. В эти знаковые послевоенные годы восстановления и разностороннего развития страны активное участие Р.Г. Кузеев принял в создании башкирского филиала АН СССР, он был назначен учёным секретарём его Президиума. В этом качестве им был разработан ряд ведущих направлений по изучению истории республики. Благодаря его активной деятельности и поистине «пробивным» способностям было получено разрешение на крупные обобщающие издания трудов башкирских учёных.

Система науки и образования становится главным поприщем его многогранной деятельности. Он поступил учиться в аспирантуру Академии общественных наук при ЦК КПСС. Его мудрыми учителями и старшими товарищами на всю жизнь стали видные учёные, академики М.П. Ким, М.В. Нечкина, член-корреспонденты П.А. Жилин, Л.С. Гапоненко, профессора Ю.А. Поляков, Г.Е. Глезерман, К.В. Гусев, С.Ф. Найда, А.В. Митрофанова, С.Л. Сенявский, Л.С. Рогачевская и др. В это время он знакомится с множеством молодых учёных, которые становятся его друзьями и соратниками. В 1962 году была успешно защищена кандидатская диссертация.

После завершения учебы Р.Г. Кузеев получил направление в Башкирский государственный университет им. 40-летия Октября, был рекомендован и избран заведующим кафедрой истории СССР. Немало историков с тех пор считают его своим учителем и с уважением почитают его как замечательного учёного и педагога. О них он тепло вспоминал в своих мемуарных изданиях: «Именно из этих выпусков первых трёх-четырёх лет вышли доктора исторических наук … выросли прекрасные учителя, десятки директоров школ».

В разных формах Р.Г. Кузеев принял участие в создании таких крупных трудов, как «Очерки по истории Башкирской АССР» (1966), «Формирование и развитие рабочего класса Башкирской АССР» (1971-1975) и др. В 1972 году на основе большого и глубокого исторического исследования он успешно защитил докторскую диссертацию, ему присваивается звание профессор, затем – «Заслуженный деятель науки БАССР», «Почётный академик АН РБ».

С 1971 г. наступил наиболее плодотворный этап его жизни и деятельности. Он становится ректором педагогического института, где стартовые позиции были минимальными. Нужно было максимально проявить все лучшие качества для превращения этого только начинающего свой путь учебного заведения в мощнейший флагман педагогического образования республики. Все его человеческие, профессиональные, организаторские способности устремились к одной цели – ускорить развитие, вывести вуз на передовую линию.

«Мой рабочий день часто начинался со строительных площадок», – признавался он. Приходилось самому ездить в строительные организации, на кирпичные заводы, республиканские и городские совещания и оперативки. Нужно было лично вникать до мельчайших подробностей во все вопросы, добиваться внимания к проблемам и нуждам растущего института, улучшать качество проектов и строящихся зданий. «Нам ничего нельзя было откладывать на завтра, каждый шаг был связан с внедрением нового, с реализацией новых мыслей, новых подходов. Мы были обязаны успевать, делать всё – и успевали!», – отмечал он позже. Одновременно добивались передачи институту старых зданий, достраивали, перестраивали их, проводили теплотрассы, ликвидировали аварии, решая с коллективом многие нестандартные хозяйственные задачи. «Это были годы беспокойной жизни, годы борьбы за расширение материальной базы института», – подчёркивал Рустем Гумерович. Его обаяние, умение убеждать тогда хорошо знали управляющие строительными трестами, с которыми он находился в постоянном деловом контакте. Для ускорения работ приходилось использовать практикантов профтехучилищ, конкурсы профессионального мастерства молодых каменщиков и многое другое. При Р.Г. Кузееве были построены два учебных корпуса, пять зданий общежитий, реконструированы два школьных здания.

Был успешно решён целый ряд жизненно важных для развития института проблем. В 1978 г. студенты были уже полностью обеспечены общежитиями. В институте ввели принцип заселения общежитий по факультетам. Сложился замечательный студгородок, формировались добрые традиции самоуправления, творчества. В те же годы создаются загородная агробиостанция, два спортивно-оздоровительных лагеря, санаторий-профилакторий, печатный цех, институтская телестудия. Открываются пять новых факультетов, в том числе исторический, 24 кафедры, 56 лабораторий и кабинетов. Каждый факультет получил площади, некоторые – отдельные комфортабельные здания. Часть из них обзавелась комплексом лабораторий, своими хозяйствами, музеями.

Каждый год почти ежемесячно в институте происходило что-либо принципиально важное: создание научно-исследовательского сектора, лаборатории на базе школы, аспирантуры, приобретение права на издание своей научной продукции, заключение договора о сотрудничестве с Галльской высшей педагогической школой в ГДР. Помня о журналистском увлечении в молодости, Рустем Гумерович поспособствовал в 1974 г. созданию институтской многотиражки.

Вместе с вузом росли и кадры – свыше 170 человек были подготовлены в аспирантуре, как своей, так и центральных вузов. Многие прошли путь от студентов и лаборантов до профессоров, заведующих кафедрами и деканов.

Р.Г. Кузеев не просто использовал опыт вузов Башкирии, он стремился создать свой неповторимый стиль педагогического института с культом школы, тесными связями с отделами народного образования, школами и детскими домами. Руководство вуза настойчиво внедряло интерактивные, творческие формы обучения, технические средства. Студенты активно включались в учебный, научный процесс, работали в школах, пионерских лагерях, студенческих строительных отрядах, создавали замечательные детские городки, выезжали в экспедиции. Преодолевая стереотипы, пединститут наращивал научно-исследовательскую работу, создавал культуру студенческих педагогически ориентированных дипломных проектов. Сама духовно-нравственная атмосфера вуза увлекала многотысячный коллектив преподавателей, сотрудников, студентов, стимулировала поиск новых методик.

Развивалось и укреплялось международное сотрудничество расправившего крылья и устремившегося в учебно-научный полёт педагогического института. Традиционными для коллектива стали встречи с кубинскими, вьетнамскими, немецкими друзьями. Большое значение придавалось интеграции вуза в башкирскую и российскую культуру, сохранению традиций, передаче эстафеты от поколения к поколению. Постоянными желанными гостями в институте были ветераны войны и труда, известные деятели культуры М. Карим, С. Кудаш, А. Иванов, М. Гареев, Д. Мурзин, Ф. Мустафина, М. Таривердиев, Д. Тухманов, Е. Крылатов, Ю. Соломин, Э. Быстрицкая и др.

Все коллеги отмечали в ректоре подвижничество, которое «зажигало», заражало окружающих. Другая важная черта Рустема Гумеровича – педагогический такт как гармоничное сочетание глубокого и разностороннего знания научных основ методики с особенностями его человеческой личности. В общении с ним бросались в глаза открытость, устремлённость вперёд. Он постоянно и много размышлял о сущности профессии педагога, о педагогическом мастерстве, о тайнах учительского ремесла. Динамика развития нового педагогического института, продолжившего лучшие традиции педагогического образования в республике, при Р.Г. Кузееве напоминала по темпам созидания первые советские пятилетки. В результате уже в 1976 г. институт признаётся вузом первой категории.

В 1983 году по состоянию здоровья он оставляет пост ректора и сосредотачивает силы на научно-преподавательской работе. Годы работы на кафедре истории Отечества в сотрудничестве со своим братом – членом-корреспондентом Академии наук СССР Раилем Гумеровичем Кузеевым стали для него не менее насыщенными и счастливыми. Он опубликовал более 150 научных работ, среди них разноплановые, интересные издания, такие, как «Испытание временем» (1992), «Новые шаги Башкортостана» (1994), «Великая Отечественная война и современность» (1997). Кафедра работала над перспективной комплексной темой «История Республики Башкортостан». Был подготовлен вузовский учебник, вышедший в свет в 2007 году.

Ветеран радовался успехам вуза, любил свой коллектив, был сердечно привязан к студентам. Многие помнят, как всего за несколько дней до его кончины из больницы пришла записка дипломникам-заочникам с последними наставлениями: «Я в вас верю. Все будет хорошо! Если смогу, постараюсь быть на защите». Но вернуться было уже не суждено.

Рустем Гумерович был женат на дочери Народного поэта Башкортостана Сайфи Кудаша Сюембике Сайфиевне, вместе они вырастили троих детей – Наилю, Искандера и Рашита, известных специалистов в области народного образования. Настоящим подвигом супругов стали воспоминания «Жизнь, длиною в один век» (1998).

Р.Г. Кузеев награждён двумя орденами Отечественной войны 1-й степени, Трудового Красного Знамени, медалями. Скончался 23 марта 1998 года. Похоронен недалеко от могилы родителей на Уфимском мусульманском кладбище.

На здании, где он жил более четверти века, установлена мемориальная доска. В университете открыт кабинет-музей Р.Г. Кузеева, учреждена именная стипендия.