Тяга к научной деятельности привела его в московскую аспирантуру при АПН РСФСР. В 1965-1971 годах молодой учёный трудился в Башкирском государственном университете, где прошёл все ступени преподавательской работы от ассистента до декана. Активная жизненная позиция, жажда к освоению новых форм работы обусловливали его включение в общественную деятельность, которая является важной и неотъемлемой частью всей его трудовой биографии.

В 1971 году его пригласили в Башкирский областной комитет партии заместителем, а затем – заведующим отделом науки и учебных заведений. В наш институт Ахмер Мухаметдинович перешёл в 1988 году на должность доцента. В 1989-2001 годах он работал проректором по научной работе. К тому времени вуз ещё не обладал высоким научно-педагогическим потенциалом, требовались усилия для подготовки квалифицированных кадров. Несмотря на сложности переходного периода, сокращение бюджетного финансирования, удалось открыть собственную аспирантуру и докторантуру. Научный потенциал нашего института заметно вырос благодаря открытию диссертационного совета по педагогике.

А. М. Азнабаев старался поддерживать и поощрять научную работу профессорско-преподавательского коллектива, в частности, добивался выделения финансовых средств на научные командировки, издание монографий, помогал налаживать необходимые контакты с коллегами других вузов и зарубежными партнёрами. В этот период был образован Совет молодых учёных, одарённые студенты стали регулярно участвовать в научных форумах, побеждать на престижных олимпиадах.

В 2000 году наш институт был преобразован в университет, в чём была заслуга всего коллектива, в том числе и проректора. Вместе с возрастающим престижем вуза всё важнее становятся открывающиеся перспективы значительного расширения перечня специальностей, открытия и успешного функционирования большого числа филиалов и представительств, появления новых научных школ, углубления контактов с научно-педагогическими учреждениями России и зарубежных стран.

В 2001-2006 годах он работал заведующим кафедрой башкирского языка. Активной научно-педагогической деятельностью занимался вплоть до своего 80-летия, в настоящее время находится на заслуженном отдыхе, но по-прежнему участвует в жизни университета.

A.M. Азнабаев активно участвовал в общественно-политической жизни республики, в течение многих лет был членом Башкирского обкома КПСС, депутатом Верховного Совета республики. Награждён орденом Дружбы народов, двумя медалями. Ему присвоены звания «Заслуженный работник народного образования Республики Башкортостан», «Почётный работник высшего профессионального образования РФ». Кроме того, он – лауреат премии им. Дж. Г. Киекбаева.