Первые студенты были приняты в 1992 году на дневное отделение по специальностям: учитель башкирского языка и литературы, турецкого языка; учитель русского языка и литературы и башкирского языка и литературы; учитель башкирского языка и литературы. На заочное отделение приём впервые осуществлен в 1994 году по специальности: учитель башкирского языка и литературы.
В 1993 году кафедра башкирской филологии была разделена на две кафедры: башкирского языка (первый заведующий кафедрой – д.ф.н., профессор, академик Международной тюркской Академии, Заслуженный работник культуры БАССР Р.Х. Халикова, с 2001 г. – к. пед. н., профессор, Заслуженный работник народного образования РБ, Почетный работник высшего профессионального образования РФ А.М. Азнабаев. В 2007 г. кафедру возглавила к.ф.н., доцент, лауреат Государственной молодежной премии в области науки и техники РБ, Отличник образования РБ Л.Х. Самситова) и башкирской литературы и культуры (первый заведующий к.ф.н., доцент З.Я. Шарипова, затем – к.ф.н. доцент А.Х. Вильданов, д. филос. н., профессор А.Х. Давлеткулов, к.ф.н., доцент Г.Г. Галина). В последующие годы на факультете были созданы еще две кафедры: в 1997 году – кафедра методики преподавания лингвистических дисциплин, основателем и первым заведующим которой стал к. пед. н., профессор, Отличник просвещения СССР, Отличник народного просвещения РСФСР, Отличник народного образования РБ, Заслуженный учитель БАССР, Заслуженный деятель науки РБ Р.В. Альмухаметов; в 1999 году была создана кафедра иностранных языков. Большая работа по ее созданию была проведена к.ф.н., доцентом С.Г. Хамзиной, к.ф.н., доцентом Н.М. Имашевой. Особое внимание уделялось подготовке квалифицированных кадров по истории и культуре Башкортостана, иностранным языкам, а также привлечению из межфакультетских кафедр преподавателей, владеющих башкирским языком.