Бухгалтерия, как одно из подразделений, стала функционировать с первых дней деятельности вуза. Расширение функций и штата сотрудников со временем обусловило реорганизацию подразделения в Управление бухгалтерского учета и финансового контроля. В октябре 2010 года, после присоединения к структуре планово-экономического отдела, было создано финансово-экономическое управление. За 50 лет работы управления его руководителями были и есть всего три человека. До 1970 года главным бухгалтером являлся Ханиф Латыпович Якубов, до 2006 года – Раиса Ильинична Шмелева, а с этого времени до сегодняшнего дня – Светлана Фаритовна Алимбекова. В 2019 году финансово-экономическое управление была реформировано в Финансовое управление.

В настоящее время в управлении работает дружный, сплоченный, высококвалифицированный коллектив. Из них за плодотворную работу неоднократно поощрялись следующие сотрудники: С.Ф. Алимбекова, Ф.Ш. Альмухаметова, Г.Х. Ахметзянова, А.М. Давлетшина, Т.Я. Малышихина, Т.И. Филиппова, Ф.Г. Шарипова.

Сегодня управление решает такие важные для университета задачи, как разработка принципов экономической деятельности, подготовка предложений в области экономической политики, составление расчетов, необходимых для осуществления его финансово-хозяйственной деятельности. Наши сотрудники в целях обеспечения развития учебного и научного потенциала вуза, укрепления материально-технической базы осуществляют своевременный экономический анализ его финансово-хозяйственной деятельности, ведут бухгалтерский и налоговый учет.

Благодаря оперативной работе коллектива руководство вуза имеет полную и достоверную информацию об экономических, финансовых, хозяйственных процессах и результатах деятельности, необходимую для оперативного и грамотного управления. Перешагнув полувековой рубеж, финансово-экономическое управление продолжает системно определять цели и решать задачи, необходимые для развития и процветания нашего вуза.