Мобилизационный отдел является самостоятельным структурным подразделением университета. Был создан 1 декабря 2008 года как II отдел, а в 2014 году был переименован в настоящее название.

Основные функции заключаются в учете и бронировании граждан призывного возраста (студентов) и граждан, пребывающих в запасе (и студенты, и сотрудники), в оформлении отсрочек от призыва студентам на время обучения, а также в оформлении отсрочек от призыва по мобилизации и в военное время гражданам, пребывающим в запасе, в подготовке мобилизационных планов, а также во взаимодействии с отделами военных комиссариатов Республики Башкортостан и других регионов РФ.

Деятельность отдела по мобилизационной работе определяется законодательством РФ о мобилизационной подготовке, военной службе и воинской обязанности, нормативными документами вышестоящих организаций, Уставом университета.

Первым руководителем отдела в период с 2008 г. по 2011 г. была Ветошкина Галина Сергеевна. Под ее руководством в 2010 году второй отдел стал победителем в районном смотре-конкурсе на лучшую организацию работы по воинскому учету и бронированию граждан, пребывающих в запасе. С 2011 г. по 2016 г. отдел возглавляла Аюпова Рима Наилевна. Максютова Ралия Ирековна исполняла обязанности начальника отдела с 2016 г. по 2017 г. Янбухтина Гульназ Альбертовна руководила мобилизационным отделом с 2017 г. по 2019 г. В настоящее время мобилизационный отдел возглавляет Юсупова Эльза Альфировна.