С 1903 г. одноклассное «образцовое» училище при семинарии, с трехлетним сроком обучения, было преобразовано в двухклассное, с шестилетним сроком обучения. Сделано было это по нескольким причинам: во-первых, развивающемуся обществу требовались люди с более широким и глубоким кругом знаний; знаний, получаемых в одноклассных училищах, уже было недостаточно. Во-вторых, уровень подготовки поступающих в БУС, как часто отмечали преподаватели, был очень низок, из-за чего страдала и педагогическая подготовка будущих учителей. В-третьих, поступление, особенно выходцев из крестьянской среды, нередко сдерживалось тем, что курс начального училища заканчивался для подростка в возрасте 13-14 лет, а в семинарию принимали по достижении 16, позже – 15 лет. Те два-три года, свободные от учения, чаще отбивали всякое желание к продолжению образования, и порождали рецедивы безграмотности. Преобразование этого училища помогло решить многие проблемы, стоящие перед БУС в этот период: уровень знаний, поступающих в семинарию, повысился; это отразилось и на качестве выпускников ПУЗ, так как у семинарии появилась возможность целенаправленно «выращивать» из учащихся «образцового» училища будущих семинаристов и вести определенную досеминарскую подготовку, кроме того, будущие учителя, учащиеся БУС, имели хорошую возможность познакомиться в ходе педагогической практики с особенностями работы в двухклассном начальном училище, количество которых в этот период стало сильно расти.
Бурные события, происходившие в России в 1905-1907 гг., не могли не оказать своего влияния на жизнь учительской семинарии. Осенью-зимой 1905 г. в семинарии происходили, как гласят строчки архивных материалов этих лет: «волнения, которые состоят главным образом в зависимости от общего настроения во всех учебных заведения, каковые настроения, как психоз, не могли не отразиться на семинарии». Выступления семинаристов были оформлены двумя петициями, предъявленными Педагогическому совету. Учащиеся выдвинули множество различных требований политического характера из области гражданских свобод: прием в семинарию учеников всех вероисповеданий, необязательность посещения церкви, упразднение церковной спевки, свобода в выборе выписываемых журналов и газет, демократизация взаимоотношений между учителями и учащимися, участие в педагогическом совете родителей и общественности, ослабление надзора в семинарском интернате и т.д.
Кроме этих требований, были и такие, которые затрагивали вопросы организации учебно-воспитательной работы семинарии, например: четвертные отметки по предметам и поведению должны выставляться только после их предварительного обсуждения учениками всего класса, отметка за поведение не должна служить препятствием при переходе из одного класса в другой, предъявление учащимся директором ежемесячного отчета по артельному хозяйству, замена некоторых учителей и служителей, улучшение стола и т.д. Надо отметить, что в петициях семинаристов были требования, которые мог удовлетворить или разрешить Педсовет. Но были и такие, которые не входили в компетенцию Педсовета и даже Попечителя Округа и Министра просвещения.
Воспитанники решительно заявили, что не будут заниматься до тех пор, пока не удовлетворят все их требования, даже были заявления, что в их «забастовке» они найдут нравственную и материальную поддержку со стороны местного общества и даже Уфимского земства. Педсовет семинарии, исчерпав возможные пути решения проблемы, с разрешения Попечителя учебного округа временно, с 30 октября 1905 г. по 8 января 1906 г., закрыл семинарию. Все учащиеся были распущены по домам, а 9 января 1906 г.занятия были возобновлены. Надо отметить, что семинаристы многого добились своими выступлениями. Например, педагогический совет согласился с тем, чтобы в БУС принимались лица всех вероисповеданий; учащимся разрешили участвовать в заседаниях педагогического совета; отныне семинаристы могли свободно выписывать газеты и журналы; были заменены несколько преподавателей.