Следующей группой учебных заведений, готовившей учителей начальной школы, были школы ведомства православного вероисповедания. Двойственность структуры начального образования в России породила своеобразный дуализм и в подготовке учителей. Рост, особенно в сельской местности, церковно-приходских школ и школ грамоты приводил к затруднениям в комплектовании этих учебных заведений церковного ведомства учителями. Сначала потребности этих школ пытались удовлетворить за счет выпускников духовных семинарий и епархиальных училищ. А с 1884 г. для подготовки учителей Синод стал создавать специальные педагогические учебные заведения двух типов: церковно-учительские и второклассные церковно-учительские школы. Деятельность подобных учительских школ была подчинена следующей идее: «Коренные основы жизни русской – православие и народность, к поддержанию этих основ должна была быть направлена вся деятельность русских народных учителей всех начальных школ».

В церковно-учительские школы (мужские и женские), в которых готовили учителей для церковно-приходских школ, принимали юношей и девушек, окончивших второклассные учительские школы. Церковно-учительские школы, срок обучения в которых был трехлетним, готовили учителей для начальных училищ всех разрядов, а также для второклассных церковных школ. По своей структуре и уровню подготовки эти педагогические учебные заведения были двухклассными церковно-приходскими школами с дополнительным педагогическим классом. В их учебный план, кроме закона божьего, церковной истории, церковнославянского языка, церковного пения с регентоведением, входили общеобразовательные и специальные предметы, такие, как русский язык со словесностью и историей литературы, российская и всеобщая история, всеобщая география, арифметика с основами геометрии и землемерии, черчение, рисование (в женских школах – рукоделие), иконопись, отдельные ремесла, основы педагогики, дидактика и гигиена.

На территории Уфимской губернии церковно-учительские школы не получили распространения. Но вместо них довольно в большом количестве были второклассные (мужские и женские) учительские школы духовного ведомства, которые стали образовываться по особому указу с 1895 г. Так, к 1912 г. в губернии действовало 6 второклассных учительских школ духовного ведомства – Камско-Березовская (с. Николо-Березовка, Бирский уезд), Бакалинская (Белебеевский уезд), Верхотурская (Стерлитамакский уезд), Мензелинская (Мензелинский уезд), Михайловская (Златоустовский уезд) и Подлубовская (Уфимский уезд).

Целью второклассных учительских школ была подготовка учителей для школ грамоты. В них принимали юношей и девушек 13-17 лет, сдавших вступительные экзамены в объеме церковно-приходской школы. Срок подготовки учителей в них был трехгодичным. По Положению 1902 г. они открывались с разрешения духовного училищного совета при Синоде и содержались на средства последнего, преподавателями в них имели право работать выпускники духовных семинарий или церковно-учительских школ.

Специальная и общеобразовательная подготовка во второклассных школах была ниже, чем в церковно-учительских школах. Так, специально-педагогическая подготовка сводилась к ознакомлению будущих учителей с довольно поверхностными сведениями из области педагогики и проведению нескольких пробных уроков в церковно-приходский школе. Качество подготовки учителей этих школ было низким. Синод примерно следующим образом определял портрет будущего выпускника: «симпатичный тип народного учителя, который как по-славянски, так и по-русски читает толково и правильно... знает счет в пределах 4-х действий хорошо; поет же очень удовлетворительно и задушевно» [1; С. 49].

Кроме второклассных учительских школ духовного ведомства, к учебным заведениям, выпускавшим, по словам Ф.Г. Паначина, «не только «церковных пастырей» и законоучителей, но и преподавателей общеобразовательных предметов [2], нужно отнести Уфимскую духовную семинарию и Уфимское Епархиальное женское училище. В семинарии, открытой в 1800 г., наряду с богословием изучались общеобразовательные предметы. Так как часть выпускников семинарии становились учителями, в ней с 1873 г. было введено изучение педагогики для ознакомления с методами обучения в начальной школе. Для подготовки учащихся старших классов к учительской должности была учреждена воскресная школа, а с 1885 г. вместо нее при семинарии открыли Образцовую церковно-приходскую школу, где воспитанники 5 и 6 классов семинарии проходили педагогическую практику. Как сказал на столетнем юбилее преподаватель И.Г. Примогенов: «признано, что воспитанники семинарии, особенно из окончивших курс, более других удовлетворяют потребности школы» [5; С. 62]. В Уфимском епархиальном училище, открытом в 1862 г., готовившем учительниц женских начальных учебных заведений, также преподавалась педагогика (введена с 1872 г.) в старших, пятых и шестых классах. Для прохождения педагогической практики будущих учительниц при училище 3-го ноября 1895 г. была открыта начальная церковно-приходская школа.