Развитие института в довоенный период потребовало расширения помещения, и Правительством Республики Педагогическому институту было передано более просторное здание на улице Гоголя, 11, где ранее размещалось Уфимское духовное училище. Решен был так же вопрос и с предоставлением жилья для преподавателей института путем передачи недалеко располагавшегося дома с флигелем по улице Социалистической, 41. И еще одно дополнительное помещение для размещения основных научных и учебных структурных подразделений института было выделено в этот же период на улице Егора Сазонова, 23.
Интересным и новым направлением работы в этот период становится для института научная деятельность, выполнявшаяся по заданиям Госплана СССР, и нашедшая отражение в «Справочнике Академии наук СССР». Здесь работали довольно известные языковеды Башкирии (З.Ш. Шакиров, Г.Я. Давлетшин), экономисты (Ш.С. Абзанов, П.С. Белоруссов) и другие специалисты. Они занимались разработкой новых учебных программ, выпускали учебники, справочники, терминологические словари и пособия, педагогические обзоры, в том числе на русском, башкирском и татарском языках. Это позволило активнее вовлекать в образовательную среду национальные кадры региона. Как результат такой целенаправленной работы этот период даже начал действовать Научно-исследовательский институт педагогики, открытый при Педагогическом институте.
Однако, уже в конце 1930-х годов после прошедших «чисток партии» и политических репрессий профессорско-педагогический состав института испытал сильное потрясение, директора один за другим снимались с должности по обвинениям в контрреволюционной подрывной деятельности и национализме. Серьезные испытания для студентов и преподавателей института выпали и в годы Великой Отечественной войны. Институту пришлось передать свои помещения для размещения эвакуированных предприятий, деятельность практически была свернута до минимума, занятия проходили в разных, часто сменяемых кабинетах и даже квартирах преподавателей и студентов в разных частях города. А сессии для заочников из сельской местности стали теперь выездными для преподавателей. Но контингент студентов уменьшился в несколько раз, ликвидировались целые группы, сроки обучения сокращались. Однако известно, что за военный период институт смог выпустить 580 специалистов-педагогов по математике, физике, русскому и башкирскому языках, химии, зоологии, истории, иностранным языкам, в том числе английскому, французскому и немецкому.
По архивным делам исследователям сегодня удалось восстановить имена многих сотрудников института, которые ушли на фронт. Вместе с тем, в институте появились новые специалисты и даже профессора и академики, оказавшиеся в Уфе в эвакуации из других городов, прежде всего из Украинской ССР. Многие студенты пошли работать на заводы и фабрики, собирали деньги и вещи для фронта. И распределение студентов – выпускников вуза теперь сильно изменилось в связи с потребностями регионов, освобождавшимися от фашистов. Почти половина выпускников уезжали из Башкирии для работы в освобожденных от врага регионов.
В первый же год Великой Победы, когда с фронта стали возвращаться солдаты, осенью 1945 года на новый учебный год был определен план приема студентов в количестве 450 человек на все факультеты, а так же в аспирантуру по башкирскому языку и литературе. Дирекция института начала работу по возвращению назад зданий и помещений, занятых оборонными предприятиями, которые частично начали реэвакуацию, а так же госпиталями и другими институтами.
В послевоенный период в ходе восстановления экономики и промышленности, переходу к модернизации всей жизни страны потребовались новые кадры специалистов и ученых, способных выполнять не только практическую, но и исследовательскую работу. Понимая, что своими силами с этими новыми задачами сотрудники института в тот момент справиться не могли, руководством института в 1946 году было подготовлено письмо на имя секретаря ЦК ВКП (б) Г.Н. Маленкова с предложением открыть в Уфе государственный университет. Предлагалось открыть сразу два факультета: физико-математический и химико-биологический с ежегодным набором студентов в количестве двухсот человек. Эту инициативу поддержал Башкирский Обком ВКП (б), добавив в проект еще один факультет – историко-филологический. Также была определена материально-техническая и финансовая база будущего университета, необходимая для строительства зданий, общежитий, жилых домов для преподавателей, приобретение оборудования. Соответствующее письмо было направлено на имя И. Сталина, в котором обосновывалась необходимость создания нового высшего учебного заведения в Башкирии, нуждающейся в высококвалифицированных кадрах «для развивающейся промышленности, сельского хозяйства и для растущей сети средних и высших учебных заведений».
Большую роль в решении этого вопроса сыграл партийный и государственный деятель того времени С.Д. Игнатьев. Будучи Секретарем Башкирского Обкома ВКП (б), он смог подготовить первичные документы по предложению открытия в Уфе Университета в послевоенный период. После чего его отозвали на работу в Москву, где он занимал высокие должности в партийной и министерской сферах до 1957 года. Потом С.Д. Игнатьеву снова пришлось вернуться в Уфу по долгу службы, благодаря чему он смог довершить процедуру согласования об открытии здесь университета.
И, наконец, Постановлением Совета Министров СССР от 20 июля 1957 года педагогический институт был преобразован в Башкирский государственный университет. Ректором университета был назначен Шайхулла Хабибуллович Чанбарисов, и осенью того же года в Уфе состоялось торжественное открытие университета – нового для республики высшего образовательного учреждения классического типа. Структура университета в советский период была представлена несколькими факультетами, связанными с подготовкой специалистов в области гуманитарных и естественных наук, в том числе физико-математический, химический, географический, биологический, исторический, филологический.
Но подготовку кадров для системы образования этот университет продолжил как сложившуюся традицию. В образовательную программу входили предметы по методике преподавания разных учебных дисциплин, имелась обязательная педагогическая практика, студенты проводили летние каникулы в пионерских лагерях в качестве вожатых и воспитателей, многие выпускники получали распределение в школы и училища, часть оставались работать преподавателями в родном университете или других высших учебных заведениях региона.
Непросто складывалась задача проектирования и строительства нового учебного здания для Башкирского государственного педагогического института с учетом будущего его перепрофилирования в Университет в 1950-е годы. Земельный участок под его строительство был выделен решением Уфимского горсовета в 1950 году в размере 3 га в периметре улиц Фрунзе, Тукаева, Бульварная и Аксакова с перспективой его расширения в будущем. Генеральный план и технический проект подготовил «Башпроект», опираясь на «архитектуру строгих сдержанных форм, не лишенных красоты» и с учетом места расположения здания на высоком мысу над рекой Белой. Архитектор и инженер проекта был С.Г. Калимуллин. Процесс строительства здания затягивался, приходилось постоянно преодолевать финансовые и организационные трудности. В итоге к концу 1958 года строительство здания было завершено и сдано в эксплуатацию. С этого времени начинается новый этап развития педагогического образования в рамках деятельности Башкирского государственного университета.